Desde 1833, con la definitiva reinstauración del régimen liberal en España las diputaciones provinciales adquieren carta de naturaleza y ya no dejarían de desempeñar sus funciones. En una primera etapa con una clara función política de apoyo al asentamiento de la nueva Administración del Estado, actuando como órgano superior jerárquico de los ayuntamientos.
En la segunda mitad del siglo XlX y hasta la Guerra Civil Española, la Diputación de Guadalajara consolida su actividad política e institucional y promueve importantes actuaciones en todos los ámbitos de la vida económica, social y cultural de la provincia. La Beneficencia, la Instrucción Pública y la construcción de caminos vecinales centran las actuaciones más importantes, dando origen con el tiempo a obras de extraordinaria trascendencia para los guadalajareños, como el Hospital Provincial, la Inclusa o Casa de la Maternidad, la Biblioteca Pública, el Museo Provincial, o la realización de un plan de caminos vecinales que ya en 1862 abarcaba más de 380 kilómetros.
Durante el franquismo, la Diputación Provincial perdió prácticamente todo su contenido político teniendo una dependencia absoluta del Gobierno Central, si bien adquirió más competencias con respecto a las que tenía anteriormente. De este periodo destacan la construcción del Colegio Provincial San José, que vino a sustituir a la antigua casa de Expósitos, la creación de bibliotecas provinciales y el apoyo a numerosas actividades culturales en todo el territorio provincial, un nuevo plan de caminos vecinales y la fundación de la Caja de Ahorro Provincial.
El periodo constitucional que se inicia en 1978 reconoce la plena autonomía de las diputaciones provinciales con respecto al Poder central. En esta próspera etapa, la Diputación de Guadalajara se ha ido afianzando como el gran “ayuntamiento de ayuntamientos”, ha adquirido relevancia política propia con una actuación decidida en la provincia a través fundamentalmente de los distintos planes de obras y servicios. La institución ha trabajado en colaboración con los municipios para proporcionar servicios básicos como el suministro de agua corriente, saneamiento, pavimentación de calles y plazas, alumbrados, carreteras, centros sociales y culturales y actuaciones de todo tipo de materia cultural, educativa y deportiva. Destacan la creación del Conservatorio Provincial de Música, el Polideportivo “San Jose”, la Residencia de Estudiantes, los centros comarcales de asesoramiento municipal en Guadalajara, Cogolludo, Pastrana, Cifuentes, Sigüenza y Molina, así como los recientemente constituidos consorcios provinciales de Extinción de Incendios y de Residuos Sólidos Urbanos.